Update ignores.

* data/.cvsignore, data/.gitignore, examples/.cvsignore,
	* examples/.gitignore:
	Remove.
	* build-aux/.cvsignore, build-aux/.gitignore, doc/.cvsignore,
	* doc/.gitignore, etc/.cvsignore, etc/.gitignore, src/.cvsignore,
	* src/.gitignore, tests/.cvsignore, tests/.gitignore:
	Remove MAkefile and Makefile.in.

src/.cvsignore

@@ -2,8 +2,6 @@
 *.log
 *.output
 .deps
-Makefile
-Makefile.in
 bison
 scan-code.c
 scan-gram.c